微生物实验室的组成主要有：准备室、微生物培养室、器械消毒及清洗室、纯水室、检测室、菌种室、储藏室等。

微生物实验根据工作领域（食品、药品、医疗等）和性质（教学、生产、研究、检测等）的不同，实验室组成和规模有很大差别。

实验室应设置成单独的区域，与其它实验室分开，门口设有门禁，非相关人员不得进入，各室根据工作内容合理布局，既方便工作又不互相影响。

入口处设置集中式更间，培养室根据培养条件和种类不同可设置多间（如霉菌培养室、细菌培养室、固体培养室、液体培养室等）。

应自成一区，安排在实验室的靠边角落处，用密封门控制人员的进出，把有洁净要求的房间设置在人员干扰较少的地方，把辅助房间设置在外部。考虑微生物实验操作流程，方便人流与物流的份额里。为控制人员的出入（人流），只设有一个密封门进入微生物实验室主洁净区，操作人员进入走廊然后进入准备间，并从准备间分别经过一更、二更、缓冲进入操作区。物流则由传递窗实现。排风口装有高效过滤器，送风口装有高效过滤静压箱，室内送排风槽上送下排方式，室内排风单侧布置，不得有障碍。余压阀自动调节室内压力，保持正压洁净状态。